Wstęp
Krystyna Grzesiak
- Matematyk (ze specjalnością analiza danych),
- Miłośniczka R i proteomiki,
- uwielbia wspinaczkę i Czarka.
3x R
Dlaczego 3x R?
Pracować w R możemy na trzy różne sposoby.
- Pisać skrypty od początku.
- Wykorzystywać gotowe funkcje.
- Używać GUI w Shiny.
Pisać skrypty od początku
Wykorzystywać gotowe funkcje
Source
Używać GUI w Shiny
Run App
Konfiguracja środowiska R
Instalacja R
Instalacja RStudio
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Instalacja pakietów
Za pomocą kodu:
\[\\[0.1in]\]
install.packages("data.table")
remove.packages("data.table")
W RStudio
Odinstalowywanie pakietów w RStudio
Ładowanie pakietów
Za pomocą kodu:
\[\\[0.1in]\]
library(data.table)
detach("package:data.table", unload = TRUE)
W RStudio
peakPantheR
Dlaczego peakPantheR?
Dlaczego peakPantheR?
- jest 3x R,
- jest paczką Bioconductora, które wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
- jest bardzo aktywnie wspierany.
Dlaczego peakPantheR?
- jest 3x R,
- jest paczką Bioconductora, które wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
- jest bardzo aktywnie wspierany.
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phenomecentre/peakPantheR")
library(peakPantheR)Dlaczego peakPantheR?
- jest 3x R,
- jest paczką Bioconductora, które wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
- jest bardzo aktywnie wspierany.
Rozwój peakPantheRa
Instalacja peakPantheRa
# instalacja BiocManager, niezbędny aby wykorzystywać paczki z Bioconductora
install.packages("BiocManager")
# instalacja peakPantheR
BiocManager::install("peakPantheR")
# ładujemy peakPantheR
library(peakPantheR)
# uruchamiamy GUI
peakPantheR_start_GUI(browser = TRUE)