Wstęp

Krystyna Grzesiak

  • Matematyk (ze specjalnością analiza danych),
  • Miłośniczka R i proteomiki,
  • uwielbia wspinaczkę i Czarka.

3x R

Dlaczego 3x R?

Pracować w R możemy na trzy różne sposoby.

  1. Pisać skrypty od początku.
  2. Wykorzystywać gotowe funkcje.
  3. Używać GUI w Shiny.

Pisać skrypty od początku

Wykorzystywać gotowe funkcje

Source

Używać GUI w Shiny

Run App

Konfiguracja środowiska R

Instalacja R

Instalacja RStudio

Instalacja pakietów

Za pomocą kodu:

\[\\[0.1in]\]

install.packages("data.table")

remove.packages("data.table")

W RStudio

Odinstalowywanie pakietów w RStudio

Ładowanie pakietów

Za pomocą kodu:

\[\\[0.1in]\]

library(data.table)

detach("package:data.table", unload = TRUE)

W RStudio

peakPantheR

Dlaczego peakPantheR?

Dlaczego peakPantheR?

  • jest 3x R,
  • jest paczką Bioconductora, które wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
  • jest bardzo aktywnie wspierany.

Dlaczego peakPantheR?

  • jest 3x R,
  • jest paczką Bioconductora, które wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
  • jest bardzo aktywnie wspierany.
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phenomecentre/peakPantheR")
library(peakPantheR)

Dlaczego peakPantheR?

  • jest 3x R,
  • jest paczką Bioconductora, które wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
  • jest bardzo aktywnie wspierany.

Rozwój peakPantheRa

Instalacja peakPantheRa

# instalacja BiocManager, niezbędny aby wykorzystywać paczki z Bioconductora

install.packages("BiocManager")

# instalacja peakPantheR

BiocManager::install("peakPantheR")

# ładujemy peakPantheR

library(peakPantheR)

# uruchamiamy GUI

peakPantheR_start_GUI(browser = TRUE)